Struktur organisasi SMAN Karubaga merupakan sistem tata kelola yang disusun secara sistematis dan jelas untuk mengatur pembagian tugas, wewenang, serta tanggung jawab seluruh elemen sekolah dalam mendukung proses pendidikan. Di dalam struktur ini, Kepala Sekolah menempati posisi tertinggi sebagai pemimpin utama yang bertanggung jawab atas seluruh kebijakan, perencanaan, dan pengawasan kinerja sekolah. Di bawah bimbingan Kepala Sekolah, terdapat Wakil Kepala Sekolah yang membantu koordinasi di berbagai bidang, seperti kurikulum, kesiswaan, sarana prasarana, dan hubungan masyarakat, guna memastikan setiap aspek kegiatan berjalan sesuai rencana. Selain itu, struktur ini juga mencakup berbagai unit pendukung yang memiliki peran spesifik, antara lain tenaga pendidik atau guru yang bertugas melaksanakan kegiatan pembelajaran dan membimbing peserta didik, tenaga kependidikan yang mengelola administrasi, keuangan, serta pelayanan umum, kepala perpustakaan, kepala laboratorium, hingga pembina kegiatan ekstrakurikuler. Keberadaan komite sekolah juga menjadi bagian penting dalam struktur ini sebagai mitra sekolah yang mewakili peran serta masyarakat dan orang tua siswa dalam mendukung kemajuan pendidikan.